Akuntabilitas kinerja adalah wujud pertanggungjawaban organisasi dalam menjalankan tugasnya secara efisien dan efektif untuk mencapai hasil yang bermanfaat bagi masyarakat. Dalam area ini, organisasi dituntut untuk menyusun perencanaan strategis yang mencerminkan visi, misi, dan tujuan instansi secara menyeluruh. Rencana tersebut harus dijabarkan dalam rencana kerja tahunan dan indikator kinerja utama (IKU) yang terukur.
Peran pimpinan sangat penting dalam memastikan bahwa perencanaan tersebut tidak hanya bersifat administratif, tetapi benar-benar menjadi pedoman kerja harian. Pelaksanaan program harus selalu dikaitkan dengan pencapaian target kinerja yang sudah ditentukan. Penguatan akuntabilitas juga mencakup monitoring dan evaluasi secara berkala terhadap pencapaian kinerja, baik di level individu maupun organisasi.
Laporan kinerja (LAKIP) disusun secara transparan dan disampaikan kepada publik sebagai bentuk pertanggungjawaban atas pelaksanaan anggaran dan program. Evaluasi terhadap laporan kinerja harus digunakan untuk perbaikan kebijakan di masa mendatang. Semakin baik sistem akuntabilitas, maka akan semakin kecil pula peluang terjadinya penyimpangan dan pemborosan anggaran negara.